Những cấu trúc bên trong phức hợp chưa bao giờ được nghiên cứu một cách chính thức. Phía đông của kim tự tháp là phần còn lại của một bức tường gạch, có lẽ là vị trí của ngôi đền tang lễ[8], nhưng chỉ là phỏng đoán bởi vì ta không thể xác định được gì từ đống đổ nát vào thời điểm này. Xa hơn về phía đông, ngay rìa sa mạc có một cấu trúc được xây dựng, có lẽ là đền thung lũng của phức hợp[8].

Dựa trên kích thước của kim tự tháp Djoser, Jean-Philippe Lauer ước tính, kim tự tháp Layer ban đầu có 5 tầng và có thể đạt tới chiều cao 42 - 45 mét, độ dài các cạnh là 84 mét và dốc 68°[9]. Nhưng ngày nay, chỉ còn lại 2 tầng với chiều cao đo được là 17 mét. Lợi dụng một mỏm đá tự nhiên, các thợ xây đã dùng nó làm lõi của kim tự tháp[8].

Các tầng của kim tự tháp được kết dính bằng lớp vữa đất sét dày. Nhiều gạch bùn được tìm thấy bên dưới chân kim tự tháp. Điều này khiến Reisner tin rằng, kim tự tháp Layer được phủ bằng gạch bùn, chứ không phải là đá vôi như những kim tự tháp khác[3]. Tuy nhiên, các nhà Ai Cập học hiện đại lại không đồng ý với giả thuyết của ông. Họ nghĩ rằng, chúng được sử dụng để làm các con dốc, vốn không được tháo dỡ sau khi kim tự tháp được hoàn chỉnh[3][8].

Kim tự tháp Layer đã hoàn thành hay chưa, tới nay vẫn là một cuộc tranh cãi giữa các chuyên gia. Rainer Stadelmann tin rằng kim tự tháp đã thực sự hoàn thành, nhưng những người khác, chẳng hạn như Miroslav Verner lại cho rằng kim tự tháp đã bị bỏ hoang vì cái chết đột ngột của nhà vua. Vả lại, lớp phủ của kim tự tháp Layer không được tìm thấy càng chứng minh cho sự chưa hoàn thành của nó[1][2].

Lối vào nằm ở góc đông bắc khu phức hợp, nó chạy về phía tây và sau đó hướng ra 2 phía nam - bắc. Con đường phía bắc nối với một hành lang chữ U và có ít nhất 32 phòng phụ tại đó. Con đường phía nam dẫn xuống một hành lang nối thẳng tới phòng mộ chính. Hành lang này hẹp tới mức một cái quan tài cũng không thể nào lọt qua. Và đúng như vậy, căn phòng chôn cất hoàn toàn trống rỗng, không có một cỗ quan tài nào cả[8].